Дворец состоял из трех залов. Аванзал примерно длинной в пятнадцать метров переходил во второй зал с колоннами где скорее всего ожидали высокой аудиенции. В третьем зале располагался трон с правителем и приближенными. Дворец был скорее всего административной постройкой. Общая его площадь была около пятисот квадратных метров. При постройке дворца использовался бутовый камень. Из кирпича пленными китайскими строителями была построена двухметровая стена. Верхняя ее часть оканчивалась деревянными коробками с вмонтированными в них окнами. Кондуйский дворец был несколько уменьшенной копией дворца Хубилая в Даду и принадлежал хану Исунке, сыну прославленного Джочи-Касара (брат Чингисхана). Косвенно принадлежность дворца хану Исунке подтверждает один из нескольких существующих переводов, так называемого Чингисова камня. Окружающие Кондуйский дворец постройки были усадьбами придворной знати и жилищами мастеровых, так же вероятно были и казематы.
С Кондуйским дворцом связано множество легенд, повествующих о его происхождение. Наиболее интересной и, пожалуй, самой распространенной в различных интерпретациях является легенда о красавице Бальжит -Кутум и хане Контое, любивших друг друга. Против светлых чувств молодой княжны и молодого хана была злая мачеха молодого хана, по совместительству ведьма, отравившая его отца. Ханша возжелала пасынка, но Контой ей не ответил взаимностью. Узнав о том, что он имеет любовную связь с Бальджит, она пришла в ярость, ревность и чувство того, что власть может ускользнуть из ее рук заставили действовать ведьму. Она заточила красавицу в темнице, но ей с помощью доброй богини удалось бежать, но посланные войны в погоню, убили ее одной из выпущенных стрел. Стрела попала в любящее сердце девушки и кровь из него превратилась в озеро. (прим. озеро Бальзино, Забайкальский край). По другой версии легенды противником брака Контоя и бурятской княжны был его отец. Еще одна версия легенды гласит, что хан Контой был дряхлым стариком, охочим до молодых девиц. Он пожелал жениться на молодой красавице Бальджит, но она полюбила менее знатного лидера нескольких родов. Они вместе бежали от гнева хана, но посланная погоня убила красавицу. А лидер увел свои племена на Запад, подальше с земель жестокого хана, тем самым создав бурятский народ. (прим. Хоринцы, Хори-буряты проживающие в Бурятии).