Первое упоминание о селении связано с тем временем, когда представители восьми родов хори – бурят из Прибайкалья в XVIII в. отделились и перекочевали в Агинскую степь, в долины рек Ингода, Ага, Онон. Постепенно большая часть их сосредотачивалась по реке Ага, богатой пастбищами. С созданием административно- территориальной структуры (тайшества) необходимо было найти постоянное удобное место пребывания канцелярии главного тайши. Наиболее подходящим оказалось место, занимаемое ныне Агинским. Здесь появилось несколько юрт: для канцелярии, для главного тайши, писаря, делопроизводителя. Здесь поставили юрты, каждый род – свою, и образовался хотон – юрточное поселение.
К этому времени здесь уже жили русские переселенцы. В 1745 году на реке Хойто-Ага появился русский крестьянин Василий Татауров, который первым в Аге поднял пашню, построил деревянный дом. Но отдаленность дома от торговых путей вынудила его поставить дом для своего сына Александра ниже по долине реки Аги у пади Дунда-Хуоша. В 1781 году здесь уже стояли два дома, а на высокой сопке с северной стороны – православный крест, символ Российского государства.
Официально считается, что Агинское селение основано в 1781 году на базе Харгытуйской мирской избы, учрежденной в 1780 году. Первыми поселенцами считаются семьи Татауровых и Наумовых, затем Ларионовых и Гантимуровых. В последующие годы сюда перекочевали их родственники, жившие за Чито, и местные жители, породнившиеся с ним (Василий Татауров женился на бурятке хубдутского рода Лхаме, после крещения получившей имя Лукерья. Как рассказывали старожилы, в селе была целая улица, на которой жили одни Татауровы.)
Путешественник Г.Н.Потанин, проездом посетивший Агинское в 1898 году, в своих записях упомянул: «В Агинскую степную думу мы приехали 15 мая.Агинское селение состоит из двух улиц;в селении до 50 домов.Есть деревянная церковь, здание Степной думы, две школы: улусная и миссионерская – и до 7 торговых лавок, принадлежащих китайцам, есть одна лавочка, в которой торгует бурят…». В отчете экспедиции Русского географического общества, обследовавшей в 1900 году жизнь и быт населений Агинской степи, указывается, что в Агинском тогда проживали 451 человек. Основным занятием бурят было животноводство, русские семьи занимались хлебопашеством. Ежегодно в начале зимы проводились торговые ярмарки, на которые съезжались купцы из Читы, Нерчинска и Маньчжурии.
Степная дума просуществовала до 1903 года. Вместо нее были созданы две волости – Агинская и Цугольская. Агинск превратился из полуоседлого- полукочевого хотона среднего размера в большой поселок.
Агинское продолжало расширяться и в советское время. В 1921 году была открыта больница на 20 коек. В 1927 году построен сельский клуб с библиотекой. Через два года в домах появилось радио. В 1930 году вышел первый номер аймачной газеты «Хамтын ажалша». Первых учащихся принял Агинский педагогический техникум.
Ныне Агинское – современный поселок городского типа, административный, культурный и экономический центр Агинского Бурятского округа.
